web-dev-qa-db-fra.com

R 3.5.0 ne fonctionne pas sur Ubuntu 18.04

Je viens d'installer Ubuntu 18.04 sur mon ordinateur portable testbed. Total frais d'installation (choisissez l'option 'minimale'). Les deux premières choses que j'ai faites ont été installer R 3.5 et R Studio 1.1.453. Si j'ouvre une nouvelle installation de R et que je la laisse simplement inactive pendant 30 minutes, j'obtiens finalement l'erreur "Error: Unable to establish connection with R session".

À ce stade, je ne peux rien faire dans R Studio et je dois le xkill et tout recharger pour continuer la programmation. Une recherche sur Internet révèle que ce problème est apparu à plusieurs reprises depuis que des personnes ont installé R/R Studio sur des machines Ubuntu qui utilisent GNOME. Je ne suis pas sûr que GNOME soit la cause première, mais c'est intéressant.

Quelqu'un a résolu ce problème? Ou peut-être que vous exécutez R 3.5 bien sur Ubuntu 18.04 sans problème. S'il vous plaît, faites-moi savoir. Je ne peux courir que 30 minutes environ avant que ce problème ne ralentisse mon système. Et mon système est une nouvelle installation de Bionic Beaver avec seulement R dessus. Bizarre.

------ et pour ceux qui se demandent ------

installation pour R était via 

Sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
Sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
Sudo apt-get update
Sudo apt-get install r-base r-base-dev

et R Studio a été installé via ce lien via le centre logiciel Ubuntu https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-AMD64.deb

et il est supposé que la version de prévisualisation de R Studio peut résoudre ce problème (à déterminer) https://s3.amazonaws.com/rstudio-ide-build/desktop /trusty/AMD64/rstudio-1.2.792-AMD64.deb

gnome18.04r
4
stackinator

Actuellement miroir CRAN fournit R 3.6 par défaut.

Pour obtenir la version R 3.5 sur Ubuntu 18.04 LTS, nous devons ajouter un référentiel CRAN avec:

Sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
Sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
Sudo apt-get update

puis ajustez APT sur la priorité la plus élevée des versions R 3.5.x du référentiel CRAN avec une seule commande longue:

cat <<EOF | Sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-r35
Package: r-*
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.5*
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-nlme
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.1.139-1bionic0
Pin-Priority: 800
EOF

Puis installez R 3.5 avec la commande ci-dessous:

Sudo apt-get install r-base r-base-dev

Et enfin, vérifiez que la version R est 3.5:

$ R

R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"

Remarques:

  1. J'ai vérifié cette méthode sur Ubuntu 18.04 propre LTS VM avec deux packages R essentiels installés - r-base et r-base-dev (et leurs dépendances).
  2. Si vous souhaitez revenir à la version 3.6 - supprimez simplement le fichier pin/lock avec Sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-r35 et exécutez Sudo apt-get dist-upgrade pour obtenir les dernières dépendances.
  3. Pour Ubuntu 16.04 LTS, la méthode est très similaire - voir mon autre réponse .
2
N0rbert

Je pense que je ai suis vos étapes. J'ai "nettoyé" mon système au mieux de mes capacités (comme décrit précédemment; voir ci-dessous), puis

Sudo apt-get install r-base

Cela semblait (comme je l'ai dit précédemment sur la liste de la communauté Ubuntu Mate, à partir de laquelle vous m'avez dit de basculer la discussion sur cet emplacement) de s'exécuter sans plainte, mais ne produisit aucun exécutable.

J'ai essayé

dpkg -l | grep "^ii -r"

en ce moment, je suis votre exemple et je n’ai aucune sortie. Il semblerait donc que "dpkg" pense que r-base n’a pas été installé.

Mais la sortie de "Sudo apt-get install r-base" semble indiquer que has a été installé. Que se passe-t-il?

Ajoutée: j'ai résolu le problème. Ailleurs, on m'a suggéré d'essayer

dpkg -l r-base-core

Cela a produit la sortie éclairante:

Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold
| Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-  pend
|/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)
||/ Name             Version       Architecture  Description
+++-================-=============-=============-======================================
ii  r-base-core      3.5.2-1bionic AMD64         GNU R core of statistical computation

La nature du message m'a incité à essayer

Sudo apt purge r-base-core

qui a couru et dit qu'il retirait beaucoup de choses.

J'ai ensuite essayé

 Sudo apt-get install r-base-core

qui a fonctionné et a donné beaucoup plus de sortie que ce qui avait été produit auparavant lorsque j'ai lancé "Sudo apt-get install r-base". (Note: J'avais tapé r-base et NON r-base-core.) Il a indiqué qu'il faisait beaucoup de choses qui semblaient prometteuses en ce qui concerne réellement - installation R.

Et en fait, la promesse a été remplie. J'ai alors commencé R et obtenu:

R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Ta-da !!!

Le problème était peut-être qu'avant, je disais

"Sudo apt-get install r-base" plutôt que

"Sudo apt-get install r-base-core".

Il est possible que ce dernier soit nécessaire si R a déjà été installé à partir de la source, mais sinon, "r-base" suffit. Je ne suis pas suffisamment informé pour le dire. D'autres peuvent être en mesure de fournir des informations.

0
Rolf Turner