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Comment configurer rJava sur OSX pour sélectionner la bonne JVM - .jinit () en échec

J'ai installé rJava en appelant install.packages ("rJava") - aucun problème rencontré

Cependant quand j'appelle:

library(rJava)
.jinit()

Je reçois:

JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1

Je suis sous OSX:

Darwin MBP-2 14.5.0 Darwin Kernel Version 14.5.0: Tue Sep  1 21:23:09 PDT 2015; root:xnu-2782.50.1~1/RELEASE_X86_64 x86_64

J'ai installé les JDK Sun suivants:

$ ls /Library/Java/JavaVirtualMachines/
jdk1.7.0_79.jdk jdk1.8.0_65.jdk

Quel Java est sur mon chemin:

$ which Java
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_79.jdk/Contents/Home//bin/Java

J'ai aussi JavaHome défini comme:

$ echo $Java_HOME
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_79.jdk/Contents/Home/
javarrjava
14
user1172468

Cette solution Impossible de charger le package R xlsx sous Mac OS 10.11

Sudo R CMD javareconf

install.packages("rJava",type='source')

A travaillé pour moi

6
Tim Child

En essayant d'exécuter ce test sur OSX 10.11.5 (El Capitan) http://www.r-bloggers.com/connecting-r-to-an-Oracle-database-with-rjdbc/

J'ai continué à avoir cette même erreur. J'ai essayé de simplement faire l'installation comme suggéré par Tim Child. Ce que j'ai remarqué, c'est que ma version de R Studio (version 0.99.896) n'arrêtait pas de se plaindre de l'installation de la version 1.6 Legacy Java for OSX. 

J'ai installé l'ancienne version de Java à partir du site Web https://support.Apple.com/kb/DL1572?locale=en_US

Puis exécuté un test plus simple dans R Studio.

library(rJava)

.jinit()
print(.jcall("Java/lang/System", "S", "getProperty", "Java.version"))

Mes résultats:

 > library(rJava)
 > .jinit()
 > print(.jcall("Java/lang/System", "S", "getProperty", "Java.version"))
[1] "1.6.0_65"

Heureux de voir que j'ai passé mon autre test (puis celui qui m'a lancé dans cette voie). Je ne pouvais toujours pas le faire pour définir la version Java la plus récente.

J'ai encore fait une réinstallation du paquet rJava

install.packages("rJava",type='source')

et les choses fonctionnent bien, en utilisant la version de Java 1.6 pour le moment, mais au moins, je peux travailler. J'espère que certains trouveront une meilleure solution :)

1
mtbiker-s

J'ai lutté avec ce problème pendant quelques heures. Il y avait un très bon fil avec quelques connaissances sur rJava ici: https://groups.google.com/forum/#!topic/r-sig-mac/eFSDrjphgGs

Les étapes suivantes ont fini par travailler pour moi:
(1) Mise à niveau vers le dernier kit JDK

(2) Définissez les variables d'environnement suivantes dans mon ~/.bash_profile:
export Java_HOME = $ (/ usr/libexec/Java_home)
export Java_CPPFLAGS = $ (/ usr/libexec/rép_base Java)/include

(3) Réinstallez rJava à partir de la source en tant que root:
Sudo R CMD INSTALLER rJava_0.9-8.tar.gz

(4) Reconfigurer Java en tant que root:
Sudo R CMD javareconf

Ensuite, je pourrais installer correctement d'autres bibliothèques dépendant de la configuration correcte de rJava.

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BioinfoNerd