web-dev-qa-db-fra.com

Erreur d'installation R et RStudio et erreur de package

Après avoir installé R et RStudio dans Ubuntu 16.04 avec le code suivant:

Sudo apt-get update
Sudo apt-get install r-base
Sudo apt-get install r-base-dev

et

Sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.143-AMD64.deb
Sudo gdebi rstudio-1.0.143-AMD64.deb

J'essaie d'installer des packages et j'obtiens des erreurs dans la console R comme

install.packages ("fGarch") 
 Installation du package dans '/usr/local/lib/R/site-library'[.____.aser install.packages: 
 'lib = "/ usr/local/lib/R/site-library"' n'est pas accessible en écriture

Comme je suis nouveau dans Linux, je ne sais pas dans quel répertoire installer les paquetages R. Je ne sais pas si c'est le problème ou si j'ai commis une erreur lors de l'installation. Quelqu'un peut-il m'aider avec ce problème? Merci d'avance.

package-managementsoftware-installationrrstudio
5
Fernando Aiube

Cette réponse concerne l'installation de paquets R supplémentaires dans R et RStudio. Si vous cherchez comment installer R et RStudio, voir Installation de RStudio - - est-ce très différent des autres paquets?

Deux façons d'installer les packages R

Je ne recommande pas RStudio ou R avec les privilèges Sudoname__. L'exécution d'une seule commande R avec Sudocomme Sudo R INSTALL fGarch devrait convenir. Les deux méthodes décrites ci-dessous sont d'autres alternatives.

1. Paquet R en tant que logiciel Ubuntu

Lorsque vous utilisez R, vous devrez installer d'autres packages R. Parfois, ceux-ci sont disponibles dans les référentiels. Dites le paquet r que vous voulez fGarchpuis le paquet dans les référentiels s'appelle r-cran-fGarch. Ouvrez un terminal en appuyant sur Cntrl+Alt+T et entrez:

Sudo apt install r-cran-fGarch

L'installation de packages R de cette manière présente deux avantages:

  1. Il gardera fGarchà jour. Chaque fois que fGarchest mis à jour dans le référentiel R-Cran, il sera mis à jour sur votre ordinateur avec le processus de mise à jour du système.
  2. Tous les utilisateurs de cet ordinateur pourront utiliser le package fGarchdans R et RStudio.

Cependant, tous les packages R ne possèdent pas un package d'installation précompilé correspondant debdans le référentiel Cran. fGarcharrive à l'un d'eux. Donc, la méthode ci-dessus ne fonctionne pas pour ce package.

2. Paquet de l'intérieur de RStudio

Les packages R tels que fGarchpeuvent être facilement installés et mis à jour depuis RStudio. Si vous procédez ainsi, vous verrez le message d'erreur et constaterez que RStudio place les nouveaux fichiers (y compris les mises à jour) dans votre répertoire personnel /home/<user>/R/site-library/. C'est bien si vous êtes le seul utilisateur de cet ordinateur à utiliser R et RStudio. L'avertissement que vous voyez ne vous empêchera pas d'utiliser le paquet fGarchname__. Cependant, les autres utilisateurs de cet ordinateur n'y auront pas accès.

Une façon de résoudre ce problème et de laisser RStudio installer tous les futurs paquets supplémentaires à leur place consiste à vous ajouter au groupe staffname__. Ouvrez un terminal en appuyant sur Cntrl+Alt+T et entrez:

Sudo adduser <user> staff

Remplacez <user> par votre nom d'utilisateur.

Après cela, vous aurez la possibilité d’installer ou de mettre à jour les paquets /usr/local/lib/R/site-library/ ou /home/<user>/R/site-library/. Vous pourrez ensuite choisir l’ancien comme emplacement d’installation par défaut.

Source: https://stackoverflow.com/questions/5560139/install-r-package-xml-in-debian-ubunt

J'espère que cela t'aides

3
user68186

Je ne sais pas pourquoi R 3.4.1 change le chemin de la bibliothèque. Pour le modifier, éditez simplement /etc/R/Renviron:

$ Sudo gedit /etc/R/Renviron

Commentez out R_LIBS_SITE=... puis commentez R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}
3
Tung

Si vous souhaitez installer le module complémentaire R pour tous les utilisateurs sur /usr/local/lib, vous devez attribuer à R les privilèges de super-utilisateur pour créer des fichiers à cet emplacement. Pour installer les packages complémentaires R en tant que superutilisateur, exécutez:

Sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

où vous remplacez <PACKAGES…> par les noms des packages de modules complémentaires à installer.

Si vous souhaitez installer un package uniquement pour , vous n'avez pas besoin de donner les privilèges de super-utilisateur R, mais vous devez spécifier une cible d'installation. Une méthode pratique consiste à utiliser une variable d’environnement:

export R_LIBS_USER=<PATH>

où vous remplacez <PATH> par le chemin d’un répertoire pour vos packages R spécifiques à l’utilisateur. Je recommande ~/.local/lib/R/site-library. Maintenant vous pouvez installer les paquets:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Vous devrez vous assurer que cette variable d'environnement est définie avant de démarrer R, sinon les packages installés à cet emplacement ne seront pas trouvés. La meilleure option serait d’ajouter la commande ci-dessus export au fichier ~/.profile. Voir Variables d'environnement pour plus d'informations.

2
David Foerster

Essayez d’ouvrir R par le terminal sous Sudo . Pour ce faire, vous devrez saisir votre mot de passe et vous autoriser à écrire sur des fichiers de votre système. image

Edit: Voir l'image pour plus de clarté

0
Nik P