Avertissement! *** Erreur de correspondance de version de la bibliothèque HDF5 *** python pandas windows
J'utilise pandas/python pour enregistrer un DataFrame au format HDFStore. Lorsque j'applique la commande my_data_frame.to_hdf (arguments ...) j'ai un message d'erreur: Attention! *** Erreur de correspondance de version de la bibliothèque HDF5 *** et mon programme est arrêté.
Je travaille sur Windows 7 (64 bits), en utilisant Python 3.5.2 :: Anaconda 4.1.1 (64 bits).
J'ai lu ce message d'erreur et comme il est dit, c'est un problème entre la version de HDF5 installée sur mon ordinateur et celle utilisée par Anacondas. Selon this post, un simple "conda install -c anaconda hdf5 = 1.8.18" pourrait résoudre mon problème mais j'ai toujours le même message d'erreur.
Merci pour votre aide les gars.
Ici, je mets un journal complet de l'erreur:
Avertissement! *** Erreur de correspondance de version de la bibliothèque HDF5 ***
Les fichiers d'en-tête HDF5 utilisés pour compiler cette application ne correspondent pas à
La version utilisée par la bibliothèque HDF5 à laquelle cette application est liée.
Des erreurs de corruption ou de segmentation des données peuvent se produire si l'application continue.
Cela peut se produire lorsqu'une application a été compilée par une version de HDF5 mais
Liée à une version différente de la bibliothèque HDF5 statique ou partagée.
Vous devez recompiler l'application ou vérifier les paramètres liés à votre bibliothèque partagée
Tels que 'LD_LIBRARY_PATH'.
Vous pouvez, à vos risques et périls, désactiver cet avertissement en définissant l'environnement
variable 'HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK' à une valeur de '1'.
La régler sur 2 ou plus supprimera totalement les messages d'avertissement.
Les en-têtes sont 1.8.15, la bibliothèque est 1.8.18
RÉSUMÉ DE LA CONFIGURATION HDF5
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G Informations générales:
-------------------
Version HDF5: 1.8.18
Configuré le: 2017-05- 31
Configuré par: NMake Makefiles
Mode de configuration: CMAKE 3.8.0
Système hôte: Windows-6.3.9600
Informations sans nom: Windows
Sexe en octets: petit-boutien
Bibliothèques:
Point d'installation: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Bibliothèque
Options de compilation:
- -----------------
Mode de compilation: RELEASE
Compilateur C: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio
14.0/VC/bin/AMD64/cl.exe
CFLAGS:/DWIN32/D_WINDOWS /W3
H5_CFLAGS:
AM_CFLAGS:
CPPFLAGS:
H5_CPPFLAGS:
AM_CPPFLAGS:
Bibliothèque C partagée: OUI
Bibliothèque C statique: OUI
Exécutables liés statiquement: OFF
LDFLAGS: /machine:x64
AM_LDFLAGS:
Bibliothèques supplémentaires: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z.
Lib
Archiveur:
Ranlib:
Packages débogués:
Suivi API: OFF
Langues:
--------- -
Fortran: OFF
Compilateur Fortran:
Compilateur Fortran 2003:
Drapeaux Fortran:
Drapeaux Fortran H5:
AM Fortran Indicateurs:
Bibliothèques Fortran partagées y: OUI
Bibliothèque Fortran statique: OUI
C++: ON
Compilateur C++: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio
14.0/VC/bin/AMD64/cl.exe
Indicateurs C++:/DWIN32/D_WINDOWS/W3/GR /EHsc
Indicateurs H5 C++:
Indicateurs AM C++:
Bibliothèque C++ partagée: OUI
Bibliothèque C++ statique: OUI
Caractéristiques:
---------
Parallèle HDF5: OFF
Bibliothèque de haut niveau: ON
Sécurité des threads: ON
Mappage API par défaut: v18
Avec symboles publics déconseillés: ON
E/S filtres (externes): DEFLATE
MPE:
Direct VFD:
dmalloc:
Effacer les tampons de fichiers avant l'écriture: ON
Utilisation du vérificateur de mémoire: OFF
Fonction Trace de pile: OFF
Vérifications strictes du format de fichier: OFF
Instrumentation d'optimisation:
La seule procédure qui a fonctionné pour moi sur macOS était de créer un virtualenv:
virtualenv -p python3 myenv
. myenv/bin/activate
pip3 install h5py==1.10.4 # or whichever version you want
Absolument rien d'autre n'a fonctionné!
Vous aurez peut-être besoin d'un brew install hdf5
problème github qui n'a pas aidé:
Dans le cas où quelqu'un a ce problème et aucune désinstallation avec pip ou conda ou quoi que ce soit fonctionnera: j'ai parcouru tous les /lib chemin d'accès et supprimé manuellement libhdf5* fichiers, puis installés hdf5 avec macports.