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Cython: "Erreur fatale: numpy / arrayobject.h: Aucun fichier ou répertoire de ce type"

J'essaie d'accélérer la réponse ici en utilisant Cython. J'essaie de compiler le code (après avoir fait le cygwinccompiler.py hack expliqué ici ), mais obtenez un fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated Erreur. Quelqu'un peut-il me dire s'il s'agit d'un problème de code ou d'une subtilité ésotérique avec Cython?

Ci-dessous mon code. Merci d'avance:

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()
pythonwindows-7numpycython
113
Noob Saibot

Dans votre setup.py, Le Extension devrait avoir l'argument include_dirs=[numpy.get_include()].

De plus, il vous manque np.import_array() dans votre code.

-

Exemple setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)
160
Robert Kern

Pour un projet d'un fichier comme le vôtre, une autre alternative consiste à utiliser pyximport. Vous n'avez pas besoin de créer un setup.py ... vous n'avez même pas besoin d'ouvrir une ligne de commande si vous utilisez IPython ... c'est très pratique. Dans votre cas, essayez d’exécuter ces commandes dans IPython ou dans un script Python normal:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Vous devrez peut-être modifier le compilateur, bien sûr. Cela rend l'importation et le rechargement identiques pour .pyx fichiers car ils travaillent pour .py des dossiers.

Source: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

40
Steve Byrnes

L'erreur signifie qu'un fichier d'en-tête numpy n'a pas été trouvé lors de la compilation.

Essayez de faire export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/, puis en compilant. Ceci est un problème avec quelques paquets différents. Un bug a été enregistré dans ArchLinux pour le même problème: https://bugs.archlinux.org/task/22326

11
John Brodie

Réponse simple

Un moyen plus simple consiste à ajouter le chemin d'accès à votre fichier distutils.cfg. Son nom de chemin de Windows 7 est par défaut C:\Python27\Lib\distutils\. Vous venez d’affirmer le contenu suivant et cela devrait marcher:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Fichier de configuration complet

Pour vous donner un exemple à quoi le fichier de configuration pourrait ressembler, tout mon fichier se lit comme suit:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32
1
strpeter