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Installation de SciPy et NumPy à l'aide de pip

J'essaie de créer les bibliothèques requises dans un paquet que je distribue. Il nécessite à la fois les bibliothèques SciPy et NumPy . En développant, j’ai installé à la fois en utilisant

apt-get install scipy

qui a installé SciPy 0.9.0 et NumPy 1.5.1, et cela a bien fonctionné.

Je voudrais faire la même chose en utilisant pip install - afin de pouvoir spécifier des dépendances dans un fichier setup.py de mon propre paquet.

Le problème est, quand j'essaye:

pip install 'numpy==1.5.1'

ça fonctionne bien.

Mais alors

pip install 'scipy==0.9.0'

échoue lamentablement, avec

raise self.notfounderror(self.notfounderror.__doc__)

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError:

Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.

Directories to search for the libraries can be specified in the

numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting

the BLAS environment variable.

Comment puis-je le faire fonctionner?

pythonnumpyscipypipapt
149
eran

Je suppose l'expérience de Linux dans ma réponse; J'ai trouvé qu'il existe trois conditions préalables pour que pip install scipy se déroule bien.

Allez ici: Installation de SciPY

Suivez les instructions pour télécharger, générer et exporter la variable env pour BLAS puis LAPACK . Veillez à ne pas couper à l'aveuglette les commandes du shell - vous devrez sélectionner quelques lignes en fonction de votre architecture, etc., et vous devrez corriger/ajouter les répertoires appropriés, ce qui est supposé erroné. bien.

La troisième chose dont vous pourriez avoir besoin est de yum installer numpy-f2py ou l’équivalent.

Oh, oui et enfin, vous devrez peut-être yum installer gcc-gfortran car les bibliothèques ci-dessus sont Fortran source.

33
David Kierans

Cela a fonctionné pour moi sur Ubuntu 14.04:

Sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev libatlas-base-dev gfortran
pip install scipy
322
vk1011

vous avez besoin des packages dev libblas et liblapack si vous utilisez Ubuntu.

aptitude install libblas-dev liblapack-dev
pip install scipy
72
Chris Montanaro

Puisque les instructions précédentes pour installer avec yum sont brisées, voici les instructions mises à jour pour installer quelque chose comme Fedora. J'ai testé cela sur "Amazon Linux AMI 2016.03"

Sudo yum install atlas-devel lapack-devel blas-devel libgfortran
pip install scipy
12
Greg

Je travaillais sur un projet qui dépendait de Numpy et Scipy. Dans une nouvelle installation de Fedora 23, en utilisant un environnement virtuel python pour Python 3.4 (fonctionnait également pour Python 2.7) et les éléments suivants dans ma configuration. py (dans la méthode setup())

setup_requires=[
    'numpy',
],
install_requires=[
    'numpy',
    'scipy',
],

J'ai trouvé que je devais exécuter le programme suivant pour que pip install -e . fonctionne:

pip install --upgrade pip

et

Sudo dnf install atlas-devel gcc-{c++,gfortran} Subversion redhat-rpm-config

Le redhat-rpm-config est réservé à l'utilisation de redhat-hardened-cc1 par Scipy, par opposition au cc1 habituel.

6
Johann

Quel est le système d'exploitation? La réponse peut dépendre du système d'exploitation impliqué. Cependant, il semble que vous ayez besoin de trouver cette bibliothèque BLAS et de l’installer. Cela ne semble pas être dans PIP (vous devrez le faire à la main ainsi), mais si vous l’installez, il devrait vous permettre de faire progresser votre installation de SciPy.

2
Shayne

Sur windows, en utilisant python.5, j'ai réussi à installer scipy en utilisant condanotpip:

conda install scipy
2
Pedro Lobito

dans mon cas, la mise à niveau de pip a fait l'affaire. De plus, j'ai installé scipy avec le paramètre -U (mettre à jour tous les paquetages avec la dernière version disponible)

0
fanny