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Le fichier HDF5 créé avec h5py ne peut pas être ouvert par h5py

J'ai créé un fichier HDF5 apparemment sans aucun problème, sous Ubuntu 12.04 (version 32 bits), en utilisant Anaconda comme Python et écriture dans des cahiers ipython. Les données sous-jacentes sont toutes des tableaux numpy. Par exemple,

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')

group = f.create_group('a_group')

group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')

Si j'essaie d'ouvrir ce fichier à partir d'un nouveau bloc-notes iypthon, je reçois un message d'erreur:

f = h5py.File('myfile.hdf5', "r")

---------------------------------------------------------------------------
IOError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b64ac5089cd4> in <module>()
----> 1 f = h5py.File(file_name, "r")

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in __init__(self, name, mode, driver, libver, userblock_size, **kwds)
    220 
    221             fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
--> 222             fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl)
    223 
    224         Group.__init__(self, fid)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl)
     77 
     78     if mode == 'r':
---> 79         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl)
     80     Elif mode == 'r+':
     81         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDWR, fapl=fapl)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/h5f.so in h5py.h5f.open (h5py/h5f.c:1741)()

IOError: Unable to open file (Unable to find a valid file signature)

Pouvez-vous me dire ce qu'est cette signature de fichier manquante? Ai-je raté quelque chose lorsque j'ai créé le fichier?

pythonnumpyiohdf5h5py
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Lilith-Elina

Depuis que nous avons résolu le problème dans les commentaires sur ma question, j'écris les résultats ici pour le marquer comme résolu.

Le problème principal était que j'avais oublié de fermer le fichier après l'avoir créé. Il y aurait eu deux options simples, soit:

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
f.close()

ou, mon préféré car le fichier se ferme automatiquement:

import numpy as np
import h5py

with h5py.File('myfile.hdf5','w') as f:
    group = f.create_group('a_group')
    group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
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Lilith-Elina

Je travaillais avec https://github.com/matterport/Mask_RCNN et j'ai produit la même erreur:

    Traceback (most recent call last):
  File "detection.py", line 42, in <module>
    model.load_weights(model_path, by_name=True)
  File "/home/michael/Bachelor/important/Cable-detection/Mask_RCNN-2.1/samples/cable/mrcnn/model.py", line 2131, in load_weights
    f = h5py.File(filepath, mode='r')
  File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 271, in __init__
    fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)
  File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 101, in make_fid
    fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2840)
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2798)
  File "h5py/h5f.pyx", line 78, in h5py.h5f.open (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/h5f.c:2117)
OSError: Unable to open file (Addr overflow, addr = 800, size=8336, eoa=2144)
HDF5: infinite loop closing library
      D,T,F,FD,P,FD,P,FD,P,E,E,SL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL

La solution ci-dessus a également fonctionné pour moi. J'ai interrompu l'entraînement à un moment aléatoire, donc le .hdf5 le fichier n'a pas été fermé correctement et n'a pas pu être ouvert par la suite.

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DerOzean