ggplot2: Boxplots avec points et séparation de remplissage

Question

J'ai des données qui peuvent être divisées via deux séparateurs. L'un est l'année et le second est une caractéristique du champ.

box<-as.data.frame(1:36)

box$year <- c(1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,
              1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,
              1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,
              1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997)
box$year <- as.character(box$year)

box$case <- c(6.40,6.75,6.11,6.33,5.50,5.40,5.83,4.57,5.80,
              6.00,6.11,6.40,7.00,NA,5.44,6.00,  NA,6.00,
              6.00,6.20,6.40,6.64,6.33,6.60,7.14,6.89,7.10,
              6.73,6.27,6.64,6.41,6.42,6.17,6.05,5.89,5.82)

box$code <- c("L","L","L","L","L","L","L","L","L","L","L","L",
              "L","L","L","L","L","L","M","M","M","M","M","M",
              "M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","M")

colour <- factor(box$code, labels = c("#F8766D", "#00BFC4"))

Dans les boîtes à moustaches, je veux afficher des points sur eux, pour voir comment les données sont distribuées. Cela se fait facilement avec un seul boxplot pour chaque année:

ggplot(box, aes(x = year, y = case, fill = "#F8766D")) +
  geom_boxplot(alpha = 0.80) +
  geom_point(colour = colour, size = 5) +
  theme(text = element_text(size = 18),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.title.y = element_blank(),
        panel.grid.minor.x = element_blank(),
        panel.grid.major.x = element_blank(),
        legend.position = "none")

Mais cela devient plus compliqué lorsque j'y ajoute un paramètre de remplissage:

ggplot(box, aes(x = year, y = case, fill = code)) +
  geom_boxplot(alpha = 0.80) +
  geom_point(colour = colour, size = 5) +
  theme(text = element_text(size = 18),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.title.y = element_blank(),
        panel.grid.minor.x = element_blank(),
        panel.grid.major.x = element_blank(),
        legend.position = "none")

Et maintenant la question: comment déplacer ces points vers des axes de boîte à moustaches, où ils appartiennent? Comme le bleu pointe vers le boxplot bleu et le rouge vers le rouge.

Answer 1

Comme l'a dit Henrik, utilisez position_jitterdodge() et shape = 21. Vous pouvez aussi nettoyer un peu votre code:

1. Pas besoin de définir de boîte, puis de la remplir pièce par pièce

2. Vous pouvez laisser ggplot hacher les couleurs si vous le souhaitez et ignorer la construction du facteur de couleurs. Si vous souhaitez modifier les valeurs par défaut, consultez scale_fill_manual et scale_color_manual.

   box <- data.frame(year = c(1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,
                     1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,
                     1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,1996,
                     1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997,1997),
                     case  = c(6.40,6.75,6.11,6.33,5.50,5.40,5.83,4.57,5.80,
                     6.00,6.11,6.40,7.00,NA,5.44,6.00,  NA,6.00,
                     6.00,6.20,6.40,6.64,6.33,6.60,7.14,6.89,7.10,
                     6.73,6.27,6.64,6.41,6.42,6.17,6.05,5.89,5.82),
                     code = c("L","L","L","L","L","L","L","L","L","L","L","L",
                     "L","L","L","L","L","L","M","M","M","M","M","M",
                     "M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","M","M"))
   
   ggplot(box, aes(x = factor(year), y = case, fill = code)) +
     geom_boxplot(alpha = 0.80) +
     geom_point(aes(fill = code), size = 5, shape = 21, position = position_jitterdodge()) +
     theme(text = element_text(size = 18),
           axis.title.x = element_blank(),
           axis.title.y = element_blank(),
           panel.grid.minor.x = element_blank(),
           panel.grid.major.x = element_blank(),
           legend.position = "none")
   

Answer 2

Je vois que vous avez déjà accepté la bonne réponse de @ JakeKaupp, mais je pensais que j'allais ajouter une option différente, en utilisant geom_dotplot . Les données que vous visualisez sont plutôt petites, alors pourquoi ne pas renoncer au boxplot?

ggplot(box, aes(x = factor(year), y = case, fill = code))+
    geom_dotplot(binaxis = 'y', stackdir = 'center',
                 position = position_dodge())