Impossible d'accéder à la bibliothèque utilisateur dans R - Avertissement "État de sortie différent de zéro"
Lorsque j'ai essayé d'installer des packages sur mon ordinateur portable de travail, j'ai reçu une erreur. On m'a dit que j'avais tous les privilèges avec l'ordinateur portable, donc il ne devrait pas y avoir de blocages.
Je pense que cela pourrait être quelque chose à voir avec le chemin du fichier vers la bibliothèque où les packages installés vont? J'utilise à la fois la dernière version de R et R Studio, 64 bits, et j'utilise le site miroir U of T CRAN du Canada.
Voici ce qui apparaît lorsque j'essaie d'installer plyr avec
install.packages("plyr")
installer également les packages de dépendances "Rcpp" qui ne sont disponibles que sous forme source, et peuvent nécessiter la compilation de C/C++/Fortran: "Rcpp" "plyr"
Et quand j'essaie d'installer ggplot2, voici le long message d'erreur:
ERREUR: la dépendance 'stringi' n'est pas disponible pour le package 'stringr' * en supprimant 'C: /RPackages/R-3.2.3/library/stringr' Avertissement dans install.packages: exécution de la commande '"C:/RPACKA ~ 1/R -32 ~ 1.3/bin/x64/R "CMD INSTALL -l" C:\RPackages\R-3.2.3\library "C:\Users\MICHAE ~ 1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/télécharg_packages/stringr_1.0.0.tar.gz 'avait le statut 1 Avertissement dans install.packages: l'installation du package' stringr 'avait un statut de sortie différent de zéro ERREUR: la dépendance' colorspace 'n'est pas disponible pour le package' munsell '* en supprimant' C:/RPackages /R-3.2.3/library/munsell 'Avertissement dans install.packages: exécution de la commande' "C: /RPACKA~1/R-32~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\RPackages\R-3.2.3\library "C:\Users\MICHAE ~ 1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/téléchargé_packages/munsell_0.4.3.tar.gz 'avait le statut 1 Avertissement dans install.packages: installation du package' munsell 'avait un état de sortie différent de zéro ERREUR: les dépendances' digest ',' plyr ',' reshape2 ',' échelles 'ne sont pas disponibles pour le package' ggplot2 '* en supprimant' C:/RPack ages/R-3.2.3/library/ggplot2 'Avertissement dans install.packages: exécution de la commande' "C: /RPACKA~1/R-32~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\RPackages\R-3.2.3\library "C:\Users\MICHAE ~ 1.COL\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA/téléchargé_packages/ggplot2_2.0.0.tar.gz 'avait le statut 1 Avertissement dans install.packages: installation du package 'ggplot2' avait un état de sortie différent de zéro Les packages source téléchargés se trouvent dans 'C:\Users\michael.colangelo\AppData\Local\Temp\RtmpGs24zA\téléchargé_packages'
Que signifie "statut de sortie non nul"? Est-ce qu'il essaie de trouver une bibliothèque pour l'installation?> Le fichier appData mentionné dans le code ne semble pas exister ou je ne peux pas y accéder. Comment le changer en un autre dossier local?
Un état de sortie différent de zéro signifie dans ce cas que le système n'a pas réussi à installer le package. Il semble y avoir un certain nombre de dépendances non résolues dans le processus d'installation. Vous pouvez essayer de résoudre ce problème en tentant d'installer le package à l'aide de l'option dependencies=TRUE; comme ça:
install.packages("ggplot2", dependencies=TRUE)
je luttais avec le même problème, pendant longtemps et la solution de micros ne m'a pas aidé non plus. J'ai tout essayé jusqu'à la réinstallation de R. Toujours pas fonctionné. Cependant, la solution est assez simple dans mon cas. Dans le terminal, n'exécutez pas R comme R mais utilisez:
Sudo -i R
ou changez la propriété des dossiers du paquetage r, car s'il appartient à root, vous n'êtes pas autorisé à le lire ou à l'écrire.
Plusieurs de mes élèves ont eu des problèmes comme celui-ci avec R3.3.3 (Mac) et R3.5.0 (tous). Nous avons constaté que l'installation de devtools et le chargement de packages à partir de github ont permis de surmonter les problèmes étranges de "statut de sortie non nul", par exemple pour obtenir le C50 package à https://github.com/topepo/C5. :
require("devtools")
install_github("topepo/C5.0")
Nous avons essayé toutes les solutions répertoriées sur cette page avant que cette méthode ne fonctionne enfin.
Mon problème a été résolu en me donnant des autorisations de propriété sur le dossier Ressources/bibliothèque.
La façon dont je l'ai résolu, était d'aller en mode de récupération (appuyez sur Commande + R au démarrage), puis allez dans Utilitaires> Terminal.
J'ai temporairement désactivé la configuration de la protection de l'intégrité du système avec (AVERTISSEMENT: N'OUBLIEZ PAS DE L'ACTIVER APRÈS):
csrutil disable
Je suis retourné à macOS, cliquez avec le bouton droit sur le dossier de la bibliothèque> Obtenir des informations> Partage et autorisations> Cliquez sur le verrou et entrez votre mot de passe administrateur> et je me suis ajouté pour lire/écrire.
Redémarrez le mac, entrez à nouveau en mode de récupération, accédez au terminal et activez la protection de l'intégrité
csrutil enable
J'espère que cela aide, et s'il vous plaît, n'oubliez pas de réactiver le csrutil, votre système est très vulnérable dans cet état, donc si vous pensez que vous avez une sorte de malware, n'utilisez pas cette solution.
L'installation de tous les packages tidyverse a été la seule chose qui a fonctionné pour moi.
install.packages("tidyverse")
RCpp doit être compilé par Rtools. Vous devez vérifier le chemin de votre Rtools.
Soit dit en passant, sur mon ordinateur (WIN10, R-3.5.1), Rtools doit être installé dans C:\Rtools. Si je change l'emplacement d'installation, R ne le trouvera pas.