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Installation des packages R Erreur dans readRDS (fichier): erreur de lecture de la connexion

Chaque fois que j'essaie d'installer un package dans R sur Ubuntu 14.04, j'obtiens l'erreur suivante:

Error in readRDS(file) : error reading from connection

J'ai déjà essayé les méthodes données ici mais je n'ai pas pu résoudre le problème.

rpackageubuntu-14.04
21
MYaseen208

1- Installez la dernière version de R à partir du CRAN et essayez d'installer un paquet.

2- S'il est possible, vérifiez-le avec un autre compte utilisateur.

3- Essayez d'installer le package R localement .

4- S'il y a un fichier RDS créé par l'ancienne version de R, vous pouvez avoir un autre type de problème, voici l'avertissement de l'aide de R:

Avertissement

Ces fonctions ont fourni une interface stable depuis R 2.4.0 (lorsque le stockage des objets sérialisés a été changé de caractère en vecteurs bruts). Cependant, le format de sérialisation peut changer dans les futures versions de R, cette interface ne doit donc pas être utilisée pour le stockage à long terme des objets R.

Sur les plates-formes 32 bits, un vecteur brut est limité à 2 ^ 31 - 1 octets, mais les objets R peuvent dépasser cela et leurs sérialisations seront normalement plus grandes que les objets.

Réf: aide (sérialiser)

6
user1436187

J'étais confronté à la même erreur et j'ai redémarré la session R, cela a fonctionné pour moi.

2
Shixiang Wang

J'ai aussi eu le même problème. J'ai suivi les instructions données ici http://www.ryantmoore.org/files/ht/htrtargz.pdf et installé séparément toutes les dépendances requises au fur et à mesure de leur utilisation.

1
Shreya

Si vous avez un ou plusieurs packages mal installés (par exemple parce que vous avez dû forcer le redémarrage pendant l'installation), vous devez réinstaller ce/ces package (s). Vous pouvez les trouver en utilisant ce code:

library(purrr)

.libPaths() %>%
set_names() %>%
map(function(lib) {
    .packages(all.available = TRUE, lib.loc = lib) %>%
    keep(function(pkg) {
        f <- system.file('Meta', 'package.rds', package = pkg, lib.loc = lib)
        tryCatch({readRDS(f); FALSE}, error = function(e) TRUE)
    })
})

Cela renverra une liste imbriquée contenant les packages cassés:

$`/home/yourname/R`
[1] "brokenpkg"

$`/usr/lib64/R/library`
character(0)

$`/usr/share/R/library`
character(0)

Vous devrez peut-être supprimer les répertoires 00LOCK-<pkgname> que R a créé à l'emplacement de la bibliothèque en essayant d'installer les packages.

1
andybega

J'ai eu cette erreur sur Windows 10 après avoir installé R 3.4.0 à partir de 3.3.1 (tous 64 bits). Il a été résolu en installant manuellement un paquet sans rapport avec CRAN (j'ai utilisé ggplot2). Aucune idée de la cause profonde, mais cela fonctionnera peut-être aussi pour vous.

Sortie de mon code:

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : error reading from connection
 Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘BiocInstaller’

J'ai ensuite redémarré R et exécuté le même code:

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in readRDS(dest) : error reading from connection

C'est à dire. même code, erreur différente. Impair. Ensuite, j'ai redémarré R à nouveau et installé un package aléatoire, puis j'ai réexécuté mon code et cela a fonctionné.

> install.packages("ggplot2")
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.Zip'
Content type 'application/Zip' length 2782171 bytes (2.7 MB)
downloaded 2.7 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages
> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/effsize_0.7.1.Zip'
Content type 'application/Zip' length 36713 bytes (35 KB)
downloaded 35 KB

package ‘effsize’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages

effsize installed

Ainsi, l'erreur semble avoir quelque chose à voir avec pacman en essayant d'installer effsize.

1
Deleet

J'ai eu le même problème:

readRDS(file) : error reading from connection.I did follow:

J'ai trouvé file.rds dans le dossier Downloads, puis copie du fichier et mise dans un autre dossier. Et puis j'ai choisi le répertoire dans:

R Session->Set working Directory->Choose directory->my new folder

Après cette action ça marche

Et une chose intéressante. Lorsque j'ai copié le fichier téléchargé par la fonction download.file (" http: //..../file.rds ", "file.rds") et que j'ai mis le fichier dans le dossier-répertoire, le problème est resté. Mais quand j'ai copié le lien http: //....../file.rds et l'ai collé dans la barre d'adresse, le fichier a été téléchargé dans le dossier Téléchargements sur mon ordinateur à partir duquel j'ai copié et déplacé vers le dossier-répertoire. Donc, je n'ai pas téléchargé le fichier par la fonction de R download.file, copié le fichier à partir de Téléchargements et l'ai mis dans le dossier-répertoire. Dans ce cas, cela fonctionne

0
Elena Anel

J'obtenais une erreur lors de l'exécution de install.packages("mice")

  1. J'ai essayé tout suggéré par user1436187.
  2. Après cela, j'ai essayé d'exécuter update.packages (). reçu la même erreur. J'ai également reçu un message d'erreur indiquant qu'il n'a pas pu exécuter une commande en raison d'autorisations.
  3. J'ai fermé ma session actuelle de R et l'ai redémarrée en tant qu'administrateur.
  4. Commande Ran qui donnait une erreur plus tôt install.packages("mice")

Cela a fonctionné pour moi.

0
Chetan Sharma

Je faisais face à la même erreur lorsque j'ai installé la version la plus récente de R. plusieurs fois, la version la plus récente n'est pas stable (pour moi, c'était 3.4.2 le 08/11/2017). Je l'ai désinstallé et installé 3.4.1 (version stable antérieure), maintenant il n'y a plus de problème.

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Arpit Sisodia