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Temps d'exécution de la fonction de mesure en R

Existe-t-il une manière normalisée dans R de mesurer le temps d'exécution d'une fonction?

Évidemment, je peux prendre system.time avant et après l'exécution, puis prendre la différence, mais j'aimerais savoir s'il existe une manière ou une fonction normalisée (ne souhaite pas inventer la roue).

Il me semble me rappeler que j’ai déjà utilisé quelque chose comme ci-dessous:

somesysfunction("myfunction(with,arguments)")
> Start time : 2001-01-01 00:00:00  # output of somesysfunction
> "Result" "of" "myfunction"        # output of myfunction
> End time : 2001-01-01 00:00:10    # output of somesysfunction
> Total Execution time : 10 seconds # output of somesysfunction
rtimeprofiling
252
dns

Une autre façon de faire serait d'utiliser Sys.time ():

start.time <- Sys.time()
...Relevent codes...
end.time <- Sys.time()
time.taken <- end.time - start.time
time.taken

Pas la façon la plus élégante de le faire, comparée à la réponse ci-dessus, mais certainement une façon de le faire.

228
Shreyes

La fonction intégrée system.time() le fera.

Utilisez comme: system.time(result <- myfunction(with, arguments))

169
Andrie

Comme Andrie l'a dit, system.time() fonctionne bien. Pour une fonction courte, je préfère y mettre replicate():

system.time( replicate(10000, myfunction(with,arguments) ) )
56
Sacha Epskamp

Une façon légèrement plus agréable de mesurer le temps d'exécution consiste à utiliser le package rbenchmark . Ce package (facilement) vous permet de spécifier le nombre de fois où répliquer votre test et quel devrait être le point de repère relatif.

Voir aussi une question connexe à l'adresse stats.stackexchange

36
csgillespie

Il y a aussi proc.time()

Vous pouvez utiliser de la même manière que Sys.time mais vous obtenez un résultat similaire à system.time.

ptm <- proc.time()
#your function here
proc.time() - ptm

la principale différence entre l'utilisation

system.time({ #your function here })

est-ce que la méthode proc.time() exécute toujours votre fonction au lieu de simplement mesurer le temps ... et d'ailleurs, j'aime bien utiliser system.time avec {} à l'intérieur pour vous permettre de définir un ensemble de choses...

30
Rodrigo de Alexandre

Le paquet "tictoc" vous donne un moyen très simple de mesurer le temps d'exécution. La documentation est dans: https://cran.fhcrc.org/web/packages/tictoc/tictoc.pdf .

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
toc()

Pour enregistrer le temps écoulé dans une variable, vous pouvez effectuer les opérations suivantes:

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
exectime <- toc()
exectime <- exectime$toc - exectime$tic
24
Anton

microbenchmark est un package léger (~ 50 Ko) et, plus ou moins, une méthode standard en R permettant de comparer plusieurs expressions et fonctions:

microbenchmark(myfunction(with,arguments))

Par exemple:

> microbenchmark::microbenchmark(log10(5), log(5)/log(10), times = 10000)
Unit: nanoseconds
           expr min lq    mean median uq   max neval cld
       log10(5)   0  0 25.5738      0  1 10265 10000   a
 log(5)/log(10)   0  0 28.1838      0  1 10265 10000

Ici, les deux expressions ont été évaluées 10000 fois, le temps moyen d'exécution étant d'environ 25-30 ns.

24
Davor Josipovic

Bien que d'autres solutions soient utiles pour une seule fonction, je recommande le code suivant, qui est plus général et efficace:

Rprof ( tf <- "log.log",  memory.profiling = TRUE )
your code must be in between
Rprof ( NULL ) ; print ( summaryRprof ( tf )  )
15
TPArrow

Vous pouvez utiliser les fonctions tic-toc de MATLAB, si vous préférez. Voir cette autre SO question

fonction chronomètre en R

11
Richie Cotton

Un autre moyen simple mais très puissant de faire cela consiste à utiliser le paquetage profvis. Il ne mesure pas seulement le temps d'exécution de votre code, mais vous donne un aperçu de chaque fonction que vous exécutez. Il peut également être utilisé pour Shiny.

library(profvis)

profvis({
  #your code here
})

Cliquez ici pour quelques exemples.

9
gianni