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Tuyauterie stdin vers R

J'ai du mal à diriger stdin vers un script R.

Voici mon script de jouet test.R:

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines('stdin', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Je voudrais parcourir chaque ligne et effectuer un traitement. Voici mon fichier d'entrée nommé input:

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

Si je fais

cat input | test.R

Je reçois seulement:

aaaaaa

Y a-t-il quelque chose que j'ai manqué?

rshellpipe
26
WYi

Cela ne se produit pas si vous ouvrez explicitement la connexion stdin.

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}
43
Vincent Zoonekynd

Jeff et moi avons écrit littler pour faire exactement cela (et quelques autres choses). En raison de littler , je n'ai jamais regardé Rscript de si près - mais cela devrait en principe fonctionner très bien.

Voici l'un de nos premiers exemples, utilisant la sortie de /bin/ls (et un filtre rapide par awk) pour résumer la taille du fichier:

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | \
                                    awk '!/^total/ {print $5}' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

edd@max:~/svn/littler/examples$

Voici le script fsizes.r n'est que de trois lignes:

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$
13
Dirk Eddelbuettel

C'est le plus simple que j'ai trouvé (en supposant une entrée numérique):

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

vous pouvez le tester avec:

$ echo -e "1\n2\n3" | R --slave -e 'x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)'
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0
3
mmoya