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Installer R dans mon propre répertoire

Comment puis-je installer une nouvelle version de R dans mon propre répertoire, par exemple, /local/data/project/behi.

software-installationnot-root-user
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user3925736

La façon la plus simple de le faire est d'installer R depuis la source :

$ wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.4.1.tar.gz
$ cd R-3.4.1
$ ./configure --prefix=$HOME/R
$ make && make install

L'avant-dernière étape est la plus critique. Il configure R pour qu'il soit installé dans un sous-répertoire de votre propre répertoire personnel.

Pour l'exécuter sur Linux, macOS et systèmes similaires, ajoutez $HOME/R/bin à votre PATH. Ensuite, les commandes Shell comme R et Rscript fonctionneront.

Sur macOS, vous avez une autre alternative: build R.app et installez-le dans le dossier privé Applications de votre utilisateur. Vous devez avoir installé Xcode pour ce faire.

Vous pourriez envisager de donner --prefix=$HOME au lieu. Cela installe R au niveau supérieur de votre répertoire personnel, de sorte que les binaires R et Rscript finissent dans $HOME/bin, qui est probablement déjà dans le PATH de votre utilisateur. L'inconvénient est que cela rend la désinstallation plus difficile, car R serait mêlé à vos autres $HOME Contenu.

(S'il s'agit de la première chose que vous avez installée sur $HOME/bin, vous devrez peut-être vous déconnecter et vous reconnecter pour obtenir ceci dans votre PATH, car il n'est souvent ajouté conditionnellement que si $HOME/bin existe au moment de la connexion.)

Ce schéma général s'applique à une grande quantité de logiciels Unix que vous pouvez installer à partir du code source. Si le logiciel possède un script configure, il comprend probablement le --prefix option, et sinon, il y a généralement une alternative avec le même effet.

Ces fonctionnalités sont communes pour plusieurs raisons. Par ordre décroissant de probabilité, d'après mon expérience:

  • La valeur par défaut sûre (/usr/local) n'est pas le bon $prefix dans toutes les situations. Les circonstances peuvent dicter autre chose comme /usr, /opt/$PKGNAME, etc.

  • Systèmes de construction de paquets binaires ( TR/MIN , DEB , PKG , Cygport ...) généralement, créez et installez le package dans un répertoire de stockage spécial, puis emballez-le de manière à ce qu'il se développe dans le répertoire souhaité emplacement d'installation.

  • Votre cas, où vous ne pouvez pas obtenir root pour installer le logiciel dans un emplacement typique, vous installez donc dans $HOME au lieu.

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Warren Young

Vous pouvez également utiliser l'application wrapper Renv .

extrait

Gestion de version R simple: Renv

Renv vous permet de basculer facilement entre plusieurs versions de R. C'est simple, discret et suit la tradition UNIX d'outils à usage unique qui font bien une chose.

Renv fait…

  • Vous permet de modifier la version R globale par utilisateur.
  • Fournit un support pour les versions R par projet.
  • Vous permet de remplacer la version R par une variable d'environnement.
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slm

Construisez à partir des sources avec ./configure --prefix=/local/data/project/behi ; make ; make install

Si vous installez à partir d'un package RPM et qu'il a été créé déplaçable, vous pouvez utiliser

rpm ... --prefix /local/data/project/behi

Mais tous les paquets ne sont pas construits avec des binaires déplaçables, et je ne pense pas que les paquets debian aient cette option (bien que vous puissiez réussir avec dpkg --instdir).

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Dani_l