Quels outils de bioinformatique et de biologie computationnelle sont disponibles?
Aujourd'hui, on m'a demandé de rechercher une version scientifique d'Ubuntu. En fait, ils recherchent des outils pour effectuer une analyse de séquence d'ADN, une vérification des protéines, des estimations et de nombreuses tâches liées à la biologie.
Première:
Existe-t-il une version scientifique et bio-orientée d'Ubuntu?
Existe-t-il des outils d'analyse scientifique tels que ceux mentionnés ci-dessus?.
J'ai étudié Google sur divers systèmes d'exploitation et outils de recherche basés sur Debian, RHEL et Virtal Machine pour la biologie informatique et la bioinformatique. Quelques points à noter sont résumés ci-dessous:
Debian Med : un système d'exploitation Debian particulièrement adapté aux exigences de la pratique médicale et de la recherche biomédicale.
DNALinux : est une machine virtuelle avec un logiciel bioinformatique préinstallé.
Bioknoppix : est une distribution personnalisée de Knoppix Linux Live CD. Il est livré avec des applications destinées au biologiste moléculaire. En plus d'utiliser de la mémoire RAM, Bioknoppix ne touche pas l'ordinateur hôte (car c'est un Live-CD) et est idéal pour les démonstrations, les étudiants en biologie moléculaire, les ateliers, etc.
Vigyaan : ("Vigyaan" signifie "Science" en hindi. Mais ce n'est pas un Linux trop scientifique). Vigyaan est un établi électronique pour la bioinformatique, la biologie informatique et la chimie informatique. Il a été conçu pour répondre aux besoins des débutants et des experts. VigyaanCD est un CD Linux live contenant tous les logiciels requis pour démarrer l’ordinateur avec un logiciel de modélisation prêt à l’emploi. VigyaanCD v1.0 est basé sur KNOPPIX v3.7.
VLinux : est une distribution Linux et un dispositif pour les étudiants et les chercheurs en bioinformatique. Il est basé sur OpenSUSE et est construit à l'aide de Suse Studio de Novell.
BioSLAX : est une nouvelle suite d'outils bioinformatiques en direct sur CD/DVD publiée par l'équipe de ressources du BioInformatics Center (BIC) de l'Université nationale de Singapour (NUS). Amorçable à partir de n’importe quel PC, ce CD/DVD exécute la version comprimée SLACKWARE du système d’exploitation LINUX, également appelé SLAX.
Bio-Linux 6. : est une station de travail bioinformatique complète, puissante, configurable et facile à gérer. Bio-Linux fournit plus de 500 programmes de bioinformatique sur une base Ubuntu Linux 10.04. Il existe un menu graphique pour les programmes de bioinformatique, ainsi qu'un accès facile au système de documentation de bio-informatique Bio-Linux et à des exemples de données utiles aux programmes de test. Vous pouvez également installer des packages Bio-Linux pour gérer les types de données de séquence de nouvelle génération.
En tant que bioinformaticien, mon avis est de télécharger et d'exécuter n'importe quelle version de Linux qui vous convient. Presque tous sont gratuits à télécharger et à utiliser. Dans mes travaux de recherche, j'utilise Ubuntu et CentOS. Je partagerai mon expérience.
CentOS : Si vous installez toutes les bibliothèques lors de l'installation, vous ne rencontrerez pas beaucoup de problèmes ultérieurement. J'ai utilisé le package Molecular Dynamics AMBER et Desmond . Il fonctionne généralement sans poser beaucoup de problèmes.
buntu: Comme il n’existe pas de nombreuses bibliothèques pré-installées, vous devez savoir où trouver des informations sur l’exécution d’un logiciel. Cependant, puisque buntu est très populaire parmi les chercheurs , je ne trouve aucune raison de ne pas l'essayer. Si vous rencontrez des difficultés pour installer ou exécuter un logiciel, vous pouvez poser des questions sur des listes de diffusion spécifiques à ce logiciel. Dans Ubuntu, les programmes du centre logiciel Ubuntu tels que Pymol , - AutoDock , nipro UGENE etc. sont disponibles. Gromacs était disponible plus tôt (je ne l'ai pas trouvé dans 12.04).
Je vous recommande fortement de prendre un effort et d'installer tous vos logiciels utiles sur Ubuntu, puis d'utiliser Remastersys pour faire des copies de votre système d'exploitation afin de le mettre autant Ordinateurs de bureau et postes de travail que vous souhaitez.
Personnellement, je vois un immense potentiel dans le fait de disposer d’un système d’exploitation Linux spécialisé destiné au public des chercheurs en biologie et en chimie.
J'espère que ça aide.
À ma connaissance, il n’existe pas de distribution spécialisée à cette fin.
(Il existe une distribution appelée Scientific Linux , basée sur RedHat/Centos, mais elle est largement développée par et cible les besoins de la physique des hautes énergies (et ne dispose pas de capacités générales manquantes en stock Ubuntu ).
Il existe une catégorie de biologie (sous science/ingénierie) avec une collection de paquetages, bien que le nombre d'applications scientifiques spécialisées associées à ubuntu soit relativement petit (et je suppose que ce serait également le cas pour d'autres distributions que vous pourriez regarder). Sciences + Ingénierie/Biologie en répertorie quelques-unes mais ne semble pas être à jour.
Cela dit, de nombreux outils scientifiques, même s'ils ne figurent pas dans les répertoires officiels, fournissent des packages compatibles avec Ubuntu (.deb) que vous pouvez télécharger (par exemple, libSBML ) ou des fichiers binaires génériques Linux (par exemple, Copasi ), ou sont neutres sur la plate-forme (en cours d'écriture en Java, python etc) et devraient donc s'exécuter sans problème dans Ubuntu (par exemple, ImageJ ).
J'utilise Ubuntu pour le travail en biologie informatique, bien que cela implique principalement de travailler avec des outils généraux (par exemple, R, python) plutôt que des applications spécialisées.
Je vois qu'il existe plusieurs remixes d'Ubuntu Science disponibles, mais ils semblent tous être morts. Cela semble être le cas avec beaucoup de remixes Ubuntu, parce que souvent, ils n'offrent pas grand chose en plus d'installer simplement certaines applications, afin de ne pas obtenir la masse critique nécessaire aux développeurs pour les maintenir. .
Ma suggestion serait d'utiliser une distribution solide basée sur la science, comme Scientific Linux , qui est utilisée (et développée par) par Fermilab, le CERN, etc. C'est une distribution qui ne va pas n'importe où n'importe quand bientôt, et a un grand soutien de la communauté scientifique. Malheureusement, il est basé sur Red Hat et peut donc ne pas répondre parfaitement à vos besoins.
Si vous avez besoin d'utiliser Ubuntu, plusieurs applications scientifiques sont disponibles dans le dépôt, lancez simplement Ubuntu Software Center et parcourez "Science & Ingénierie" -> Biologie. Je ne suis pas certain de l'utilité de ces programmes, car ils sont hors de mon expertise. S'ils étaient suffisants, vous pouvez créer un script bash rapide les installant tous lorsque vous configurez une nouvelle machine.